酸奶口感好，並含有益生菌，但吃藥時喝酸奶就要注意了，因為有些藥物會與酸奶中的鈣、乳酸菌起反應，輕者降低藥效，重者可能生成膽結石、腎結石。服下列藥和飲酸奶就應間隔2小時以上。 抗生素：酸奶中的活性乳酸菌在體內會被抗生素殺滅，所以服羅紅黴素、四環素、氯黴素等對乳酸菌敏感的抗生素，一定要跟喝酸奶的時間錯開。一來乳酸菌對這些藥物敏感，二來抗生素與酸奶中的鈣離子在腸道形成絡合物，大大減少藥物的吸收，降低療效。
雖然與酸奶同時服用會影響藥效，但服抗生素後2小時再喝酸奶，卻可以調節服藥後引起的食欲不振、惡心嘔吐、頭暈等症狀。 含鐵藥物：硫酸亞鐵、富馬酸亞鐵(富血鐵)、琥珀酸亞鐵、枸櫞酸鐵銨、緩釋鐵等含鐵製劑，是婦女、兒童缺鐵性貧血的常用藥，酸奶中的鈣離子可與鐵劑在十二指腸發生競爭，使鐵劑吸收減少，降低療效。
強心藥：心衰病人使用洋地黃、地高辛等強心藥治療時，如果同時又喝大量酸奶，可能出現黃視等中毒症狀，甚至發生意外，因為酸奶中所含的鈣能增加這些強心苷的毒性。 降血糖藥：二甲雙胍發揮降糖作用時會增加體內的乳酸，而酸奶中含大量乳酸菌，進入人體也會使乳酸的量增加。如果長時間、較大劑量服用二甲雙胍，喝酸奶可導致體內乳酸堆積，可能引起乳酸中毒。為避免體內乳酸堆積，服用二甲雙胍期間可用其他乳製品代替酸奶。
降壓藥：嚴重的高血壓患者在使用優降寧等降壓藥時，如果再同時喝酸奶或者吃其他奶製品，都可能引起血壓驟然升高，嚴重者會使血壓持續升高，甚至發生高血壓危象。